手書き風とかって単に手書き風の静止画ならテクスチャはっつければ簡単に実現できるけど、
動いた瞬間3Dとモロバレするのは周知の事実。
画のタッチってのは物質の面方向、奥行き、明るさその他を参照したものであって、
本質的に再現するには3Dジオメトリの情報と、感性を参照したタッチでなければいかんのじゃ。
ここ重要。今回の核心。

で、現在主に出回ってる「アナログ塗りっぽい3D動画」はほぼ全て平面的に処理したもんなんですね。
例えばこんな感じ。
http://www.synthetik.com/Gallery/Gallery-Moving/Movie_Pages/Gallery_Moving_UserA_pages/MoviePageUserA30.html
http://www.synthetik.com/Gallery/Gallery-Moving/Movie_Pages/Gallery_Moving_UserA_pages/MoviePageUserA14.html
ソフトはコレ。
http://www.synthetik.com/
水彩風とか、あんまりタッチの見えない2D的な方針ならこれでOKなんだけどね。

エフェクトで平面情報に加えて3D情報も参照すればいいんだけど、
そこまでエフェクト側にやらせるのは酷な感じ。
いや、出来ない事もないんだけど面倒かなあ。
AEなら、ノーマル情報とかを基にした3Dライティングプラグインを使ってみればなんとか。
簡単に言えば「AEで3Dオブジェクトをライティングできる」んですよ。実は。
http://www.taron.de/zborn/index.html
こんなのとか、似たようなフリープラグインもアルヨ。興味があったら聞いておくんなまし。
これを応用すれば3Dと2Dの境界を破った新たな表現が・・！
とか思ってたりしますがよければ暇な人やってみてください。
私は今のが終わったら試してみるつもりです。
上の2つのソフトと3D要素組み合わせれば、もう夢が広がりんぐですよ。

でもそれよかXSIみたいなレンダーノードで直にジオメトリ参照してタッチ作ってった方が良さそうなので・・
XSIでNPRレンダー出れば即乗り換える気概です。